本校於78年奉准籌設，由漢寶德教授擔任召集人，進行規劃。82年成立籌備處，84年8月動工，85年7月正式設校名為「國立臺南藝術學院」，開設音像紀錄研究所、博物館學研究所、造形藝術研究所、藝術史與藝術評論研究所。

86年增設應用藝術研究所、建築藝術研究所、七年一貫制音樂學系，並成立國際藝術交流研究中心。

87年成立音像動畫研究所、七年一貫制中國音樂學系，並開設教育學程。

88年成立音像藝術管理研究所、古物維護研究所。初步建構以高階之研究所階段藝術教育為主軸，並發展大學部及七年一貫制之教學單位。

學校因教育、創作與研究發展上的需要，於91年成立應用音樂系、民族音樂學研究所，92年則成立藝術史學系、鋼琴伴奏合作藝術研究所、及藝術創作理論研究所。

93年8月本校奉准改名為「國立臺南藝術大學」，改制大學後分設音樂學院、視覺藝術學院、音像藝術學院、文博學院及共同教育委員會。並陸續於94年、95年成立音樂表演與創作研究所、材質創作與設計系，實踐本校創校之追求精緻且專業之治校特色。

98至99年進行系所調整增設，七年一貫制中國音樂學系更名為「中國音樂學系」、七年一貫制音樂學系與音樂表演與創作研究所整併更名為「音樂學系」、藝術史學系與藝術史與藝術評論研究所整併更名為「藝術史學系暨藝術史與藝術評論碩士班」、博物館學研究所與古物維護研究所整併更名為「博物館學與古物維護研究所」、音像紀錄研究所、音像藝術管理研究所及音像動畫研究所整併更名為「音像紀錄與影像維護研究所」、「動畫藝術與影像美學研究所」。「應用音樂學系」由音樂學院改隸音像藝術學院，鋼琴伴奏合作藝術研究所更名為「鋼琴合作藝術研究所」。